Muziektheorie is de studie van de praktijken en mogelijkheden van muziek. The Oxford Companion to Music beschrijft drie onderling samenhangende vormen van gebruik van de term "muziektheorie".
De eerste zijn de "rudiments", die nodig zijn om muzieknotatie te begrijpen (toonsoorten, maatsoorten en ritmische notatie); de tweede is het leren van de opvattingen van geleerden over muziek van de oudheid tot heden; het derde een subonderwerp van musicologie dat "tracht processen en algemene principes in muziek te definiëren". De musicologische benadering van theorie verschilt van muziekanalyse "doordat het niet het individuele werk of de uitvoering als uitgangspunt neemt, maar de fundamentele materialen waaruit het is opgebouwd."
Muziektheorie houdt zich vaak bezig met het beschrijven van hoe musici en componisten muziek maken, waaronder onder meer stemmingssystemen en compositiemethoden. Vanwege de steeds groter wordende opvatting van wat muziek is (zie Definitie van muziek), zou een meer omvattende definitie kunnen zijn dat muziektheorie de overweging is van elk geluidsfenomeen, inclusief stilte, in relatie tot muziek. Dit is geen absolute richtlijn; Zo was de studie van "muziek" in het Quadrivium liberal arts university curriculum dat gebruikelijk was in middeleeuws Europa een abstract systeem van verhoudingen dat zorgvuldig werd bestudeerd op afstand van de feitelijke muziekpraktijk. Deze middeleeuwse discipline werd echter de basis voor stemmingssystemen in latere eeuwen, en het is over het algemeen opgenomen in de moderne wetenschap over de geschiedenis van de muziektheorie.